9 марта 2004 г. президент России подписал указ о реорганизации структуры правительства. В соответствии с указом образовано 16 министерств и реорганизованы некоторые министерства и ведомства. Преобразования затронули ряд ведомств оборонной промышленности.

Российское авиационно-космическое агентство преобразовано в Федеральное космическое агентство, которое подчинено Министерству промышленности и энергетики (министр В. Б. Христенко). Распоряжением председателя правительства РФ от 12 марта 2004 г. руководителем нового агентства назначен А. Н. Перминов, который до этого занимал должность командующего Космическими войсками. На этом посту его сменил В. Поповкин, который был назначен командующим Космическим войсками указом президента от 10 марта 2004 г.

Министерство атомной энергии было преобразовано в Федеральное агентство по атомной энергии, подчиненное Министерству промышленности и энергетики (министр В. Б. Христенко). Новое агентство возглавил А. Ю. Румянцев, который до этого занимал пост министра по атомной энергии. В части оборонного заказа агентство по атомной энергии подчинено Министерству обороны.

Произведенные преобразования скорее всего не отразятся на работе отраслей военно-промышленного комплекса или их взаимодействии с Министерством обороны в части разработки, производства и эксплуатации систем стратегических вооружений. Наиболее серьезным изменением является отсутствие у федеральных агентств возможности издавать собственные нормативные акты.